Необходимость в хирургическом вмешательстве может возникнуть только при долго незаживающих язвах, или при появлении осложнений. Такая операция может быть запланированной или проводиться в срочном порядке. Экстренное оперативное вмешательство показано при прободении язвы, кровотечениях, которые не удается остановить консервативными мероприятиями. Проводится ушивание язвы, остановка кровотечения, расширяется сужение пищеварительной трубки. Применяемые ранее плановые операции по удалению участка желудка с целью уменьшения его секреции, в настоящее время практически не используются, так как правильно подобранное современное медикаментозное лечение, как правило, приводит к ремиссии.
При малигнизации (озлокачествлении) язвы необходимо оперативное лечение, объем которого зависит от того, как рано обнаружена опухоль - успела ли она прорасти все слои желудка, или только поразила слизистый и подслизистый слои, успела ли она распространиться на близлежащие органы или лимфатические узлы, или уже дала метастазы в отдаленные органы. Чем раньше выявлена малигнизация язвы, тем меньше будет объем оперативного вмешательства. В таком случае операция по удалению язвы может быть проведена эндоскопически, или лапароскопически. В противном случае проводится расширенное вмешательство традиционным способом.